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Dans son Institut, le Professeur Xavier accueille des jeunes mutants, leur permettant ainsi d'apprendre à développer leurs dons et à s'en servir à bon escient. Parmi les élèves, on compte Scott Summers, alias Cyclope, un jeune homme pouvant dégager une rafale d'énergie d'un simple regard; Jean Grey, une télépathe douée de télékinésie; Diablo, un adolescent à la peau bleue pouvant se télétransporter; Kitty, jeune fille capable de traverser les matières solides; et Spyke, rebelle pouvant éjecter de son corps des pics acérés. Pour encadrer ces élèves (bientôt rejoints par une petite dizaine de nouveaux), on retrouve entre autres Tornade, jeune femme pouvant maîtriser les éléments et Wolverine, un mutant ayant un don de régénerescence surdéveloppé et également muni d'un squelette et de griffes en adamentium.

Si le Professeur Xavier entend mettre ces jeunes gens surdoués au service de l'humanité, Magneto, un autre mutant très puissant, voit les choses différemment. Estimant que les mutants représentent l'avenir de l'espèce humaine, il désire que ceux-ci soient considérés à leur juste valeur et deviennent la classe dirigeante sur Terre. Aidé par Mystique (mutante métamorphe), il rassemble à son tour de jeunes gens doués de pouvoirs sous la bannière de la Confrérie des Mauvais Mutants…

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Lorsqu'est annoncée la mise en chantier du premier film X-Men (de Bryan Singer), Marvel est bien décidé à renforcer l'événement en adaptant ses héros sur divers supports. Comme c'est souvent le cas, une déclinaison animée est très vite envisagée. La dernière adaptation des X-Men pour le petit écran ne remontant qu'à quelques années, un concept différent et innovant se révèle nécessaire. La grande chaîne connaissant le plus de succès en matière de diffusion de programmes d'animation est à l'époque The WB, avec son module du samedi matin Kids' WB ! La chaîne appartenant à Warner, Marvel propose, pour la première fois, une association entre les deux grosses maisons (il faut savoir que Warner possède les éditions DC, grandes concurrentes des éditions Marvel). C'est ainsi que naît X-Men : Evolution, série bénéficiant de la renommée des célèbres mutants de Marvel et du savoir de Warner en matière de séries animées mettant en scène des super-héros. Même si l'animation est en grande partie confiée au studio Roman Film, Warner apporte son savoir-faire en matière de scénarios, de réalisation, de character design, de jeux des acteurs, de supervision…

À la première vision de la série, on reconnaît très vite la patte des studios Warner : animation soignée, dessins originaux, scénarios complexes, personnages dénués de manichéisme… on est loin des précédentes (et même futures) adaptations animées des comics Marvel qui pêchent souvent par une réalisation maladroite, des couleurs criardes et des scénarios indigents ne semblant viser qu'un public enfantin tant les motivations sont simplistes et les dialogues convenus (voire creux).

Même si les jeunes téléspectateurs restent le principal public visé par la case horaire américaine de la série, X-Men : Evolution a su séduire un public assez large (notamment grâce à ses multiples rediffusions sur Cartoon Network US). Certes, les libertés prises par rapport aux comics originaux en ont dérouté plus d'un (particulièrement en France où les BD Marvel sont bien plus connues que les comics DC), mais d'autres ont été séduits par cette fraîcheur et cet affranchissement de plusieurs décennies de comics.

La série parvient à créer une trame complexe dans laquelle s'entremêlent plusieurs histoires : la rivalité entre les X-Men et la Confrérie, Magneto et ses acolytes, les liens troubles entre Diablo et Mystique, les origines mystérieuses de Wolverine, le secret puis la révélation – et ses conséquences – de l'existence des mutants, le long réveil d'Apocalypse... La psychologie et les motivations des personnages étant elles aussi complexes, les héros et leurs ennemis gagnent en profondeur. C'est ainsi que certains personnages refusent de choisir leur camp (telle Big Bang) ou en changent en cours de route (Malicia, Avalanche, Colossus, Gambit…). Les origines, les liens familiaux, les difficultés d'assumer ses différences et de faire face à l'intolérance sont autant de thèmes récurrents du comics qui se retrouvent exploités (parfois de manière trop légère, parfois de façon plus grave et juste) dans cette série animée. En choisissant de faire de la majorité de ses héros des adolescents, X-Men : Evolution parvient à donner encore plus d'ampleur et de résonance aux difficultés existentielles des personnages.